Фрагмент учетной политики для компании, 
которая ведет обособленный учет входного НДС

Товары, поставляемые на экспорт, а также непосредственно связанные с такой реализацией товары, работы, услуги и суммы НДС по ним учитываются на отдельных субсчетах бухгалтерского учета.
Если вычет НДС по приобретенным товарам был заявлен по общим правилам, но затем эти товары были реализованы на экспорт, эти суммы налога подлежат восстановлению в квартале, в котором организация отгрузила товары на экспорт. Восстановленный налог принимается к вычету в налоговом периоде, в котором организация подтвердила экспорт.
Если на экспорт реализуются ранее закупленные товары из разных партий (в т. ч. приобретенных у разных поставщиков, по разным ценам), учет которых ведется совместно, то для целей восстановления и последующего принятия сумм НДС к вычету в особом порядке расчет этих сумм производится следующим образом:
1) определяется фактическая себестоимость товаров, отгруженных на экспорт, согласно способу учета по средней себестоимости, закрепленному в учетной политике для целей бухгалтерского учета;
2) расчетным путем с использованием соответствующих ставок НДС определяется сумма налога по этим товарам;
3) бухгалтерия в произвольном порядке подбирает на эту сумму конкретные счета-фактуры, данные из которых указываются в книге продаж при восстановлении налога, а затем в книге покупок при принятии к вычету НДС по подтвержденному (неподтвержденному) экспорту.